Thành phố Phúc Yên là một trong những trung tâm giáo dục lớn của Vĩnh Phúc với một số trường ĐH, CĐ, TCCN....

• Đại học Sư phạm Hà Nội 2
• Cao đẳng Vĩnh Phúc
• Cao đẳng công nghiệp Phúc Yên
• Cao đẳng nghề Việt - Xô
• CĐ CN và kinh tế HN (cơ sở 2)
• TC Nghề kỹ thuật XD và nghiệp vụ
• Đại học Kiến trúc Hà Nội (cơ sở 2 tại Xuân Hòa)
• Trung cấp Kỹ thuật cơ điện
• TT dạy nghề

Trên địa bàn thành phố có 4 trường THPT. Trong đó Trường THPT Hai Bà Trưng luôn lọt Top 100 trường THPT có kết quả thi đại học tốt nhất cả nước trong suốt nhiều năm, là cơ sở giáo dục có chất lượng đi đầu thành phố.

• Trường THPT Hai Bà Trưng
• Trường THPT Bến Tre
• Trường THPT Xuân Hòa
• Trường THPT Dân tộc Nội Trú Phúc Yên